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Agilent GeneSpring GX V11.5是一款广受好评的基因组学工作职员必知软件，利用者可在短时候内分析运算出目标基因的序列，称得上系统生物学分析软件中的佼佼者，遭到相关科研工作者的接待和必定。本文对GeneSpring GX的上风做具体分析。
GeneSpring GX是一套出格针对生物学家需求所经心设想的生物芯片数据分析软件。它供给多种便利的统计学工具, 具有强大的图形显现和数据分析才能。经过GeneSpring GX互动式的视窗操纵界面, 用户可以有用地将芯片数据与其生物学意义停止整合, 从而实现快速找到基因表达调控相关工具的终极方针作为表达谱数据分析的金标准，GeneSpring GX今朝已经具有跨越4400篇的高水平参考文献的援用。
下载地址：http://www.cityhbs.com/thread-1453-1-1.html
支持最新的miRNA利用研讨
GeneSpring GX为用户供给了对包括基因表达谱，内含子挑选性剪接以及最新的miRNA表达谱等利用研讨的周全支持。GeneSpring GX不但可以为用户供给多种统计学工具对miRNA表达谱数据停止分析，而且还整合独占的TargetScan功用可以对miRNA表达发生变化后所引发的后续生物学成果停止正确猜测。除此此外，用户还可以经过GeneSpring GX对qPCR数据停止分析。
门路式的数据治理形式
GeneSpring GX可以按照用户分歧的研讨课题建立目录对尝试数据停止分类治理。这类门路式的数据治理形式可以帮助用户方便快速地对同一研讨课题中，分歧批次的尝试成果停止间接比力和整合分析。除此之外，GeneSpring GX对数据分析进程中的每一步操纵也自动保存，是以在极洪流平上方便了用户对复杂生物学数据的本性化治理。
直观的图形显现
geneSpring GX具有强大的图形功用，可以帮助用户从分歧角度获得数据信息，而且建立各类范例的图形图表，从而有用地传递数据中包括的生物学信息。GeneSpring GX支持包括tiff、jpeg、png、bmp在内多种图像格式的输出。GeneSpring GX供给的可视化工具包括：3D散点图(3D scatter plot)，直方图(Histogram plot)，火山图(Volcano plots)，Box-Whisker图(Box-Whisker plot)，矩阵图(Matrix plot)，Venn图(Venn diagram)和热图(Heatmap)等。
数据分析的工作流形式
GeneSpring GX为用户供给了多种针对分歧数据来历所经心设想，而且适用于常规数据分析使命所需的工作流形式。比如，针对安捷伦公司的芯片数据，GeneSpring GX设想的工作流形式会利用Feature Extraction所包括的质量控制参数来对芯片的数据质量停止评价。除工作流形式之外，GeneSpring GX也为用户供给了数据分析的高级形式。用户可以按照自己的需求，灵活地对各项分析参数停止响应的调剂。
数据归一化和转换方式
在现实操纵中，即利用户严酷控制尝试条件和标准操纵，仍然不成能完全避免由于尝试不肯定身分而至使的数据误差。GeneSpring GX供给一系列的数据归一化和转换方式，帮助用户有用去除分歧尝试间的非生物学差别以保证数据的正确性。
检验基因差别表达的统计学工具
GeneSpring GX为用户供给了多种功用强大的可以用于检验基因差别表达的统计学工具，包括T检验(T-tests)以及单身分和多身分方差分析(One-way and multi-way ANOVA ANOVA)等。
聚类分析和样本种别猜测
GeneSpring GX为用户供给了多种可以用于在表达谱数据中寻觅共性和特征纪律的分析工具。样本主成份分析法(PCA)可以将分离在一组变量上的信息集合到某几个主成份上，从而到达数据降维的感化。别的包括K-均值聚类分析(K-means)、系统聚类分析(Hierarchical)以及自构造映照聚类分析(Self-organizing maps)在内的聚类算法，可以基于表达谱数据的类似性，对分歧尝试组别或是样本数据停止分类研讨。GeneSpring GX 10中的样本种别猜测工具(Support Vector Machines, Neural Network,Naïve Bayesian和Decision Tree)可以帮助用户快速分析大量的表达谱数据，而且从中找出能够和疾病表型大概别的特征相关的基因标识。
数据的生物学意义剖析
对表达谱数据停止分析的方针就是要从那些具有统计学意义的数据成果中找出与其关联的生物学意义。GeneSpring GX不但可以帮助用户分析单个基因的表达数据，而且供给多种工具来帮助用户从多个视角对尝试数据中所提醒出的份子代谢通路、份子功用以及能够的表达调控机制停止深度剖析。GeneSpring GX供给以下生物学帮助剖析工具：
最新基因注解更新(支持从NCBI,安捷伦公司和eArray网站在线或是间接经过用户供给的text文档停止更新)
Gene Ontology (GO) 富集化分析
基因组分析和基因组富集化分析(Gene and gene set enrichment analysis)
经过GO 阅读器旁观基因的首要功用分类
对目标基因停止GO分析
代谢通路分析
GeneSpring GX支持Biopax通路交换格式的导入和旁观
查找与目标代谢通路类似的别的代谢通路
建立分歧份子间的相互感化关系及别的模子
Ingenuity Pathway Analysis (IPA)整合工具
出色的数据兼容性
GeneSpring GX是开放式的数据分析软件，今朝支持包括安捷伦公司，Affymetrix公司，Illumina公司等分歧芯片平台所发生的数据。GeneSpring GX 10还可以帮助用户轻松实现跨芯片平台的数据比力和整合。
GeneSpring 为科研工作者供给最新的miRNA研讨支持，而且可对miRNA表达后引发的后续成果做正确猜测，支持多种格式的图像输出，图形功用强大，数据分析专业用户可按照本身需求灵活处置以及方差分析。 |
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发表于 2020-1-10 19:42:10
发表于 2020-1-10 19:43:09
